As baleias não são consideradas capazes de viver em água doce por longos períodos de tempo.

Por quanto tempo as baleias vivem em água doce tornou-se um assunto de debate com várias visitas de baleias a ambientes de água doce. O interesse neste assunto atingiu o pico quando Humphrey, a baleia jubarte, fez um desvio para o rio Sacramento em 1985, durante a temporada anual de migração das baleias. Humphrey conseguiu passar várias semanas na água salobra ( água doce) do rio Sacramento antes de finalmente retornar à baía de São Francisco e depois ao Oceano Pacífico. O assunto foi revisitado em maio de 2007, quando uma mãe jubarte e seu filhote entraram no rio Sacramento.

As baleias jubarte entrando no rio Sacramento deram origem a especulações sobre sua sobrevivência em água doce.

Em geral, alguns especialistas dizem que é incomum ver baleias em água doce por mais de algumas semanas. Existem algumas espécies de golfinhos que são especificamente mamíferos de água doce , mas a maioria das baleias foi construída para ambientes de água salgada. Os cientistas não têm certeza de quanto tempo as baleias podem viver em água doce, pois são mamíferos de água salgada. Um problema é que na água doce, eles não têm acesso às suas fontes regulares de alimento.

Embora frequentemente associados ao oceano, os golfinhos, como o boto-rosa do rio, às vezes podem viver em água doce.

Uma preocupação adicional para as baleias em água doce é que a água salgada desempenha algumas funções naturais para a baleia. Pequenos cortes ou arranhões, por exemplo, são facilmente curados com água salgada. Ambientes de água doce não fornecem acesso aos aspectos benéficos de cura do sal. Foi notado no incidente de maio de 2007 em Sacramento que ambas as baleias pareciam ter sido feridas pela hélice de um barco. Felizmente, as duas baleias neste caso foram conduzidas de volta ao Oceano Pacífico cerca de duas semanas depois de fazerem sua aparição no Delta do Sacramento.

Ambientes de água doce também não são naturais para as atividades de natação e mergulho de uma baleia. A maioria das baleias nadam em águas com pelo menos 6,1 m de profundidade, se não consideravelmente mais profundas. Os rios de água doce podem ser apenas alguns metros mais profundos do que a circunferência do corpo de uma baleia. Isso os torna mais propensos a encalhar.

A baleia jubarte e muitas outras espécies de baleias são animais migratórios por hábito. Os desvios dos padrões típicos de migração podem criar problemas para as baleias. Como não estão acostumados com a rota que estão tomando, as baleias podem se confundir facilmente. O instinto de migração é inato, então, por mais interessante que seja ver baleias em água doce, é uma questão de preocupação para os amantes de baleias.

Quando possível, governos e grupos ambientais usam seus recursos para ajudar as baleias a voltarem a seus ambientes naturais o mais rápido possível. Os biólogos marinhos estão certos de que a biologia da baleia não pode sobreviver indefinidamente em água salobra e que, no máximo, poucas baleias em água doce sobreviverão mais de um mês.